En sortie de fosse, les eaux sont débarrassées de leurs particules solides mais conservent de nombreux éléments polluants (nitrates, phosphates, parasites, bactéries, virus). Elles doivent donc être traitées par une installation adaptée aux caractéristiques du terrain (perméabilité du sol, pente, surface disponible...). L'épuration et l'évacuation se font par le sol : tranchées ou lit filtrant. En cas d’imperméabilité du sol, un drainage est nécessaire après l’épuration pour permettre le rejet des effluents épurés vers le milieu superficiel.